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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| A. Meier | Eintracht Frankfurt | 17 |
| N. Proschwitz | Paderborn | 17 |
| O. Occean | SpVgg Greuther Fürth | 17 |
| K. Volland | TSV 1860 München | 14 |
| M. Idrissou | Eintracht Frankfurt | 14 |
| C. Nöthe | SpVgg Greuther Fürth | 13 |
| M. Kruse | FC St. Pauli | 13 |
| S. Rösler | Fortuna Düsseldorf | 13 |
| Z. Dedic | Dynamo Dresden | 13 |
| D. Rangelov | Energie Cottbus | 12 |
| M. Poté | Dynamo Dresden | 12 |
| B. Lauth | TSV 1860 München | 11 |
| M. Beister | Fortuna Düsseldorf | 11 |
| S. Aigner | TSV 1860 München | 11 |
| D. Kruppke | Eintracht Braunschweig | 10 |
| D. Kumbela | Eintracht Braunschweig | 10 |
| B. Köhler | Eintracht Frankfurt | 9 |
| E. Hoffer | Eintracht Frankfurt | 9 |
| I. Mitsanski | FSV Frankfurt | 9 |
| J. Langeneke | Fortuna Düsseldorf | 9 |
| M. Ebbers | FC St. Pauli | 9 |
| R. König | Erzgebirge Aue | 9 |
| Sercan Sararer | SpVgg Greuther Fürth | 9 |
| A. Iashvili | Karlsruher SC | 8 |
| M. Chrisantus | FSV Frankfurt | 8 |
| R. Koch | Dynamo Dresden | 8 |
| Silvio | Union Berlin | 8 |
| S. Terodde | Union Berlin | 8 |
| T. Bröker | Fortuna Düsseldorf | 8 |
| B. Nehrig | SpVgg Greuther Fürth | 7 |