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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| S. Terodde | VfB Stuttgart | 25 |
| M. Harnik | Hannover 96 | 17 |
| S. Kutschke | Dynamo Dresden | 16 |
| A. Bouhaddouz | FC St. Pauli | 15 |
| G. Burgstaller | 1. FC Nürnberg | 14 |
| D. Kumbela | Eintracht Braunschweig | 13 |
| F. Klos | Arminia Bielefeld | 13 |
| M. Schnatterer | 1. FC Heidenheim | 11 |
| C. Nyman | Eintracht Braunschweig | 11 |
| A. Gogia | Dynamo Dresden | 10 |
| P. Köpke | Erzgebirge Aue | 10 |
| S. Dursun | SpVgg Greuther Fürth | 10 |
| A. Wooten | SV Sandhausen | 9 |
| D. Kreilach | Union Berlin | 9 |
| D. Nazarov | Erzgebirge Aue | 9 |
| R. Hennings | Fortuna Düsseldorf | 9 |
| J. Wurtz | VfL Bochum | 8 |
| M. Liendl | TSV 1860 München | 8 |
| S. Skrzybski | Union Berlin | 8 |
| A. Voglsammer | Arminia Bielefeld | 8 |
| P. Mlapa | VfL Bochum | 8 |
| K. Reichel | Eintracht Braunschweig | 7 |
| C. Quaner | Union Berlin | 7 |
| T. Kleindienst | 1. FC Heidenheim | 7 |
| S. Polter | Union Berlin | 7 |
| Carlos Mané | VfB Stuttgart | 6 |
| C. Gentner | VfB Stuttgart | 6 |
| L. Höler | SV Sandhausen | 6 |
| K. Karaman | Hannover 96 | 6 |
| C. Buchtmann | FC St. Pauli | 6 |