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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| M. Ducksch | Holstein Kiel | 18 |
| H. Behrens | 1. FC Nürnberg | 14 |
| L. Hinterseer | VfL Bochum | 14 |
| M. Grüttner | SSV Jahn Regensburg | 13 |
| R. Hennings | Fortuna Düsseldorf | 13 |
| S. Skrzybski | Union Berlin | 13 |
| A. Voglsammer | Arminia Bielefeld | 13 |
| D. Drexler | Holstein Kiel | 12 |
| M. Ishak | 1. FC Nürnberg | 12 |
| S. Andersson | 1. FC Kaiserslautern | 12 |
| S. Polter | Union Berlin | 12 |
| K. Schindler | Holstein Kiel | 12 |
| T. Kempe | SV Darmstadt 98 | 11 |
| B. Tashchi | MSV Duisburg | 11 |
| S. Kittel | FC Ingolstadt 04 | 10 |
| P. Köpke | Erzgebirge Aue | 10 |
| B. Raman | Fortuna Düsseldorf | 10 |
| J. Verhoek | 1. FC Heidenheim | 10 |
| M. Stoppelkamp | MSV Duisburg | 9 |
| K. Wolze | MSV Duisburg | 9 |
| L. Röser | Dynamo Dresden | 9 |
| M. Schnatterer | 1. FC Heidenheim | 8 |
| K. Kerschbaumer | Arminia Bielefeld | 8 |
| S. Lewerenz | Holstein Kiel | 8 |
| T. Usami | Fortuna Düsseldorf | 8 |
| F. Klos | Arminia Bielefeld | 7 |
| R. Kruse | VfL Bochum | 7 |
| M. Knoll | SSV Jahn Regensburg | 7 |
| S. Iljutcenko | MSV Duisburg | 7 |
| S. Abdullahi | Eintracht Braunschweig | 7 |