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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| F. Klos | Arminia Bielefeld | 21 |
| M. Schäffler | SV Wehen | 19 |
| P. Hofmann | Karlsruher SC | 17 |
| S. Dursun | SV Darmstadt 98 | 16 |
| M. Ducksch | Hannover 96 | 15 |
| K. Behrens | SV Sandhausen | 14 |
| T. Kleindienst | 1. FC Heidenheim | 14 |
| N. González | VfB Stuttgart | 14 |
| S. Ganvoula | VfL Bochum | 13 |
| M. Álvarez | VfL Osnabrück | 13 |
| A. Voglsammer | Arminia Bielefeld | 12 |
| S. Kittel | Hamburger SV | 11 |
| D. Diamantakos | FC St. Pauli | 11 |
| H. Veerman | FC St. Pauli | 11 |
| B. Hrgota | SpVgg Greuther Fürth | 10 |
| R. Hack | 1. FC Nürnberg | 10 |
| D. Nazarov | Erzgebirge Aue | 10 |
| D. Blum | VfL Bochum | 9 |
| Lee Jae-Sung | Holstein Kiel | 9 |
| H. Weydandt | Hannover 96 | 9 |
| L. Hinterseer | Hamburger SV | 9 |
| E. Iyoha | Holstein Kiel | 9 |
| J. Pohjanpalo | Hamburger SV | 9 |
| S. Stolze | SSV Jahn Regensburg | 8 |
| A. Albers | SSV Jahn Regensburg | 8 |
| J. Hochscheidt | Erzgebirge Aue | 8 |
| D. Keita-Ruel | SpVgg Greuther Fürth | 8 |
| H. Al Ghaddioui | VfB Stuttgart | 8 |
| F. Krüger | Erzgebirge Aue | 7 |
| S. Wamangituka | VfB Stuttgart | 7 |