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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| S. Dursun | SV Darmstadt 98 | 27 |
| S. Terodde | Hamburger SV | 24 |
| B. Hrgota | SpVgg Greuther Fürth | 16 |
| M. Ducksch | Hannover 96 | 16 |
| D. Srbeny | Paderborn | 16 |
| R. Zulj | VfL Bochum | 15 |
| S. Zoller | VfL Bochum | 15 |
| P. Hofmann | Karlsruher SC | 13 |
| C. Kühlwetter | 1. FC Heidenheim | 13 |
| J. Serra | Holstein Kiel | 13 |
| A. Albers | SSV Jahn Regensburg | 13 |
| C. Führich | Paderborn | 13 |
| K. Behrens | SV Sandhausen | 13 |
| P. Testroet | Erzgebirge Aue | 12 |
| A. Mühling | Holstein Kiel | 12 |
| D. Keita-Ruel | SV Sandhausen | 12 |
| F. Krüger | Erzgebirge Aue | 11 |
| F. Bartels | Holstein Kiel | 11 |
| G. Burgstaller | FC St. Pauli | 11 |
| H. Nielsen | SpVgg Greuther Fürth | 11 |
| T. Kleindienst | 1. FC Heidenheim | 11 |
| S. Kerk | VfL Osnabrück | 10 |
| M. Schäffler | 1. FC Nürnberg | 10 |
| D. Kyereh | FC St. Pauli | 9 |
| T. Kempe | SV Darmstadt 98 | 9 |
| S. Kittel | Hamburger SV | 9 |
| G. Haraguchi | Hannover 96 | 9 |
| R. Hennings | Fortuna Düsseldorf | 9 |
| J. Green | SpVgg Greuther Fürth | 9 |
| D. Nazarov | Erzgebirge Aue | 8 |