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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| S. Terodde | Schalke 04 | 30 |
| R. Glatzel | Hamburger SV | 22 |
| M. Ducksch | Werder Bremen | 20 |
| N. Füllkrug | Werder Bremen | 19 |
| P. Hofmann | Karlsruher SC | 19 |
| G. Burgstaller | FC St. Pauli | 18 |
| L. Pfeiffer | SV Darmstadt 98 | 17 |
| J. Verhoek | Hansa Rostock | 17 |
| P. Tietz | SV Darmstadt 98 | 15 |
| S. Michel | Paderborn | 14 |
| C. Daferner | Dynamo Dresden | 13 |
| R. Hennings | Fortuna Düsseldorf | 13 |
| D. Kyereh | FC St. Pauli | 12 |
| M. Bülter | Schalke 04 | 10 |
| T. Kleindienst | 1. FC Heidenheim | 10 |
| P. Testroet | SV Sandhausen | 10 |
| S. Kittel | Hamburger SV | 9 |
| M. Wanitzek | Karlsruher SC | 9 |
| S. Kerk | Hannover 96 | 9 |
| A. Albers | SSV Jahn Regensburg | 9 |
| K. Narey | Fortuna Düsseldorf | 8 |
| T. Mohr | 1. FC Heidenheim | 8 |
| F. Platte | Paderborn | 8 |
| A. Mühling | Holstein Kiel | 7 |
| B. Pichler | Holstein Kiel | 7 |
| F. Bilbija | FC Ingolstadt 04 | 7 |
| F. Schleusener | Karlsruher SC | 7 |
| N. Dovedan | 1. FC Nürnberg | 7 |
| T. Kempe | SV Darmstadt 98 | 6 |
| R. Leipertz | 1. FC Heidenheim | 6 |