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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| T. Kleindienst | 1. FC Heidenheim | 25 |
| R. Glatzel | Hamburger SV | 19 |
| S. Skrzybski | Holstein Kiel | 15 |
| D. Kownacki | Fortuna Düsseldorf | 14 |
| C. Teuchert | Hannover 96 | 14 |
| F. Schleusener | Karlsruher SC | 13 |
| T. Boyd | 1. FC Kaiserslautern | 13 |
| J. Beste | 1. FC Heidenheim | 12 |
| P. Tietz | SV Darmstadt 98 | 12 |
| F. Reese | Holstein Kiel | 11 |
| B. Hrgota | SpVgg Greuther Fürth | 11 |
| R. Leipertz | Paderborn | 11 |
| K. Duah | 1. FC Nürnberg | 11 |
| M. Wanitzek | Karlsruher SC | 10 |
| M. Pieringer | Paderborn | 10 |
| F. Muslija | Paderborn | 10 |
| M. Kaufmann | Karlsruher SC | 10 |
| A. Ujah | Eintracht Braunschweig | 10 |
| R. Hack | Arminia Bielefeld | 10 |
| K. Pröger | Hansa Rostock | 10 |
| M. Kwarteng | 1. FC Magdeburg | 10 |
| L. Daschner | FC St. Pauli | 9 |
| I. Pherai | Eintracht Braunschweig | 9 |
| L. Reis | Hamburger SV | 9 |
| P. Owusu | SSV Jahn Regensburg | 9 |
| D. Thomalla | 1. FC Heidenheim | 8 |
| B. Atik | 1. FC Magdeburg | 8 |
| H. Nielsen | Hannover 96 | 8 |
| J. Irvine | FC St. Pauli | 8 |
| R. Königsdörffer | Hamburger SV | 8 |