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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| C. Tzolis | Fortuna Düsseldorf | 22 |
| H. Tabaković | Hertha BSC | 22 |
| R. Glatzel | Hamburger SV | 22 |
| M. Hartel | FC St. Pauli | 17 |
| C. Uzun | 1. FC Nürnberg | 16 |
| R. Ache | 1. FC Kaiserslautern | 16 |
| I. Matanović | Karlsruher SC | 14 |
| I. Prtajin | SV Wehen | 14 |
| L. Bénes | Hamburger SV | 13 |
| K. Karaman | Schalke 04 | 13 |
| V. Vermeij | Fortuna Düsseldorf | 12 |
| A. Sieb | SpVgg Greuther Fürth | 12 |
| B. Zivzivadze | Karlsruher SC | 12 |
| B. Hrgota | SpVgg Greuther Fürth | 11 |
| C. Teuchert | Hannover 96 | 11 |
| M. Wanitzek | Karlsruher SC | 10 |
| M. Ritter | 1. FC Kaiserslautern | 10 |
| S. Skrzybski | Holstein Kiel | 10 |
| E. Engelhardt | VfL Osnabrück | 10 |
| F. Reese | Hertha BSC | 9 |
| J. Eggestein | FC St. Pauli | 9 |
| O. Afolayan | FC St. Pauli | 9 |
| A. Grimaldi | Paderborn | 9 |
| L. Schnellbacher | SV Elversberg | 8 |
| R. Philippe | Eintracht Braunschweig | 8 |
| A. Voglsammer | Hannover 96 | 8 |
| B. Pichler | Holstein Kiel | 8 |
| F. Muslija | Paderborn | 7 |
| A. Tanaka | Fortuna Düsseldorf | 7 |
| H. Nielsen | Hannover 96 | 7 |