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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| M. Reichwein | FC Rot-Weiß Erfurt | 17 |
| R. Lechleiter | VfR Aalen | 14 |
| T. Schweinsteiger | SSV Jahn Regensburg | 14 |
| D. Stroh-Engel | SV Babelsberg 03 | 13 |
| F. Löning | SV Sandhausen | 13 |
| S. Glasner | Wacker Burghausen | 13 |
| M. Müller | SV Babelsberg 03 | 12 |
| Z. Janjic | SV Wehen | 12 |
| M. Laux | FC Saarbrücken | 11 |
| M. Schnatterer | 1. FC Heidenheim | 11 |
| M. Tunjic | SpVgg Unterhaching | 11 |
| M. Ziemer | FC Saarbrücken | 11 |
| A. Fink | Chemnitzer FC | 10 |
| D. Ulm | SV Sandhausen | 10 |
| E. Kachunga | VfL Osnabrück | 10 |
| F. Klos | Arminia Bielefeld | 10 |
| M. Steegmann | SV Darmstadt 98 | 10 |
| S. Wohlfarth | SV Wehen | 10 |
| A. Amachaibou | SpVgg Unterhaching | 9 |
| E. Agyemang | Arminia Bielefeld | 9 |
| J. Rahn | Arminia Bielefeld | 9 |
| J. Wurtz | FC Saarbrücken | 9 |
| M. Klauß | SSV Jahn Regensburg | 9 |
| S. Benyamina | Stuttgart II | 9 |
| S. Morabit | FC Rot-Weiß Erfurt | 9 |
| D. Drexler | FC Rot-Weiß Erfurt | 8 |
| F. Niederlechner | SpVgg Unterhaching | 8 |
| J. Simák | FC Carl Zeiss Jena | 8 |
| K. Hesse | Kickers Offenbach | 8 |
| M. Dausch | VfR Aalen | 8 |