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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| A. Fink | Chemnitzer FC | 20 |
| F. Klos | Arminia Bielefeld | 20 |
| M. Grüttner | Stuttgarter Kickers | 18 |
| H. Calhanoglu | Karlsruher SC | 17 |
| M. Schnatterer | 1. FC Heidenheim | 16 |
| M. Taylor | Preußen Münster | 16 |
| M. Ziemer | FC Saarbrücken | 16 |
| K. van der Biezen | Karlsruher SC | 15 |
| S. Zoller | VfL Osnabrück | 15 |
| Z. Janjic | SV Wehen | 15 |
| M. Fetsch | Kickers Offenbach | 12 |
| N. Pfingsten-Reddig | FC Rot-Weiß Erfurt | 12 |
| S. Benyamina | Stuttgart II | 12 |
| B. Förster | Chemnitzer FC | 10 |
| J. Plat | Hansa Rostock | 10 |
| M. Thiel | Wacker Burghausen | 10 |
| A. Bischoff | Preußen Münster | 9 |
| M. Thurk | 1. FC Heidenheim | 9 |
| R. Hennings | Karlsruher SC | 9 |
| S. Hille | Arminia Bielefeld | 9 |
| T. Staffeldt | VfL Osnabrück | 9 |
| F. Niederlechner | SpVgg Unterhaching | 8 |
| G. Manno | VfL Osnabrück | 8 |
| M. Piossek | VfL Osnabrück | 8 |
| O. Smetana | Hansa Rostock | 8 |
| T. Furuholm | Hallescher FC | 8 |
| T. Weilandt | Hansa Rostock | 8 |
| D. Mast | Hallescher FC | 7 |
| M. Kara | Preußen Münster | 7 |
| M. Königs | Preußen Münster | 7 |