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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| F. Klos | Arminia Bielefeld | 23 |
| J. Eilers | Dynamo Dresden | 19 |
| A. Fink | Chemnitzer FC | 17 |
| Z. Janjić | MSV Duisburg | 17 |
| M. Ziemer | Hansa Rostock | 15 |
| K. Onuegbu | MSV Duisburg | 14 |
| S. Iljutchenko | VfL Osnabrück | 14 |
| A. Menga | VfL Osnabrück | 13 |
| T. Harder | Borussia Dortmund II | 13 |
| T. Kleindienst | Energie Cottbus | 13 |
| M. Heider | Holstein Kiel | 12 |
| T. Furuholm | Hallescher FC | 12 |
| A. Aosman | SSV Jahn Regensburg | 11 |
| A. Gogia | Hallescher FC | 11 |
| J. Rahn | Fortuna Köln | 11 |
| M. Reichwein | Preußen Münster | 11 |
| P. Köpke | SpVgg Unterhaching | 11 |
| R. Kazior | Holstein Kiel | 11 |
| A. Bischoff | Preußen Münster | 10 |
| C. Kammlott | FC Rot-Weiß Erfurt | 10 |
| C. Müller | Arminia Bielefeld | 10 |
| L. Höler | FSV Mainz 05 II | 10 |
| M. Rizzi | SG Sonnenhof Grossaspach | 10 |
| M. Schäffler | Holstein Kiel | 10 |
| Vunguidica | SV Wehen | 10 |
| D. Widemann | SpVgg Unterhaching | 9 |
| T. Jänicke | SV Wehen | 9 |
| C. Hemlein | Arminia Bielefeld | 8 |
| K. Möhwald | FC Rot-Weiß Erfurt | 8 |
| R. Krohne | Preußen Münster | 8 |