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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| J. Eilers | Dynamo Dresden | 23 |
| C. Beck | 1. FC Magdeburg | 20 |
| P. Testroet | Dynamo Dresden | 18 |
| M. Königs | Fortuna Köln | 16 |
| A. Fink | Chemnitzer FC | 15 |
| J. Biada | Fortuna Köln | 14 |
| C. Kammlott | FC Rot-Weiß Erfurt | 12 |
| J. Derstroff | FSV Mainz 05 II | 12 |
| E. Berko | Stuttgarter Kickers | 11 |
| L. Höler | FSV Mainz 05 II | 11 |
| P. Breier | SG Sonnenhof Grossaspach | 11 |
| S. Lewerenz | Holstein Kiel | 11 |
| M. Álvarez | VfL Osnabrück | 10 |
| O. Osawe | Hallescher FC | 10 |
| P. Köpke | Erzgebirge Aue | 10 |
| R. Sukuta-Pasu | Energie Cottbus | 10 |
| T. Röttger | SG Sonnenhof Grossaspach | 10 |
| D. Drexler | VfR Aalen | 9 |
| H. Savran | VfL Osnabrück | 9 |
| M. Rizzi | SG Sonnenhof Grossaspach | 9 |
| A. Shapourzadeh | Würzburger Kickers | 8 |
| D. Frahn | Chemnitzer FC | 8 |
| E. Soriano | Würzburger Kickers | 8 |
| L. Schnellbacher | SV Wehen | 8 |
| S. Bertram | Hallescher FC | 8 |
| M. Hilßner | Werder Bremen II | 7 |
| M. Reichwein | Preußen Münster | 7 |
| R. Czichos | Holstein Kiel | 7 |
| R. Kazior | Werder Bremen II | 7 |
| S. Andrist | Hansa Rostock | 7 |