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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| C. Beck | 1. FC Magdeburg | 17 |
| R. König | FSV Zwickau | 15 |
| L. Röser | SG Sonnenhof Grossaspach | 14 |
| M. Schäffler | SV Wehen | 14 |
| H. Dahmani | Fortuna Köln | 13 |
| M. Grüttner | SSV Jahn Regensburg | 13 |
| M. Morys | VfR Aalen | 13 |
| A. Fink | Chemnitzer FC | 12 |
| A. Grimaldi | Preußen Münster | 12 |
| K. Schindler | Holstein Kiel | 12 |
| O. Wriedt | VfL Osnabrück | 12 |
| G. Wegkamp | VfR Aalen | 11 |
| K. Onuegbu | MSV Duisburg | 11 |
| S. Andrist | Hansa Rostock | 11 |
| S. Lewerenz | Holstein Kiel | 11 |
| C. Kammlott | FC Rot-Weiß Erfurt | 10 |
| J. George | SSV Jahn Regensburg | 10 |
| K. Freiberger | Sportfreunde Lotte | 10 |
| D. Frahn | Chemnitzer FC | 9 |
| E. Thommy | SSV Jahn Regensburg | 8 |
| F. Schleusener | FSV Frankfurt | 8 |
| S. Iljutcenko | MSV Duisburg | 8 |
| Y. Stark | FSV Frankfurt | 8 |
| A. Geipl | SSV Jahn Regensburg | 7 |
| A. Seydel | FSV Mainz 05 II | 7 |
| D. Drexler | Holstein Kiel | 7 |
| D. Mast | Chemnitzer FC | 7 |
| M. Lais | SSV Jahn Regensburg | 7 |
| N. Jüllich | SG Sonnenhof Grossaspach | 7 |
| A. Dej | Sportfreunde Lotte | 6 |