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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| M. Pourié | Karlsruher SC | 22 |
| M. Schäffler | SV Wehen | 16 |
| A. Fink | Karlsruher SC | 15 |
| D. Kyereh | SV Wehen | 15 |
| N. Proschwitz | SV Meppen | 14 |
| S. Hain | SpVgg Unterhaching | 13 |
| S. Schimmer | SpVgg Unterhaching | 13 |
| M. Kobylański | Preußen Münster | 12 |
| C. Kühlwetter | 1. FC Kaiserslautern | 12 |
| M. Álvarez | VfL Osnabrück | 11 |
| O. Ademi | Würzburger Kickers | 11 |
| P. Hofmann | Eintracht Braunschweig | 11 |
| P. Tietz | FC Carl Zeiss Jena | 11 |
| R. König | FSV Zwickau | 11 |
| M. Beister | KFC Uerdingen 05 | 11 |
| S. Mamba | Energie Cottbus | 11 |
| C. Soukou | Hansa Rostock | 10 |
| M. Biankadi | Hansa Rostock | 10 |
| D. Baumann | Würzburger Kickers | 10 |
| T. Röttger | SG Sonnenhof Grossaspach | 10 |
| T. Wachsmuth | FSV Zwickau | 10 |
| R. Klingenburg | Preußen Münster | 9 |
| M. Morys | VfR Aalen | 9 |
| B. Girth | VfL Osnabrück | 9 |
| B. Bahn | Hallescher FC | 8 |
| M. Fetsch | Hallescher FC | 8 |
| M. Heider | VfL Osnabrück | 8 |
| M. Wolfram | FC Carl Zeiss Jena | 8 |
| S. Mölders | TSV 1860 München | 8 |
| R. Dadaşov | Preußen Münster | 8 |