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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| S. Mölders | TSV 1860 München | 22 |
| T. Boyd | Hallescher FC | 18 |
| N. Shipnoski | FC Saarbrücken | 14 |
| Z. Janjić | Verl | 14 |
| A. Yildirim | Verl | 14 |
| D. Martinović | Waldhof Mannheim | 13 |
| S. Kutschke | FC Ingolstadt 04 | 13 |
| P. Slišković | Türkgücü-Ataspor | 13 |
| M. Malone | SV Wehen | 12 |
| C. Daferner | Dynamo Dresden | 12 |
| J. Verhoek | Hansa Rostock | 12 |
| M. Wunderlich | FC Viktoria Köln | 11 |
| P. Tietz | SV Wehen | 11 |
| M. Pourié | 1. FC Kaiserslautern | 11 |
| L. Cueto | FC Viktoria Köln | 11 |
| S. Sararer | Türkgücü-Ataspor | 10 |
| M. Schröter | FSV Zwickau | 10 |
| P. Hosiner | Dynamo Dresden | 10 |
| M. Stoppelkamp | MSV Duisburg | 10 |
| R. König | FSV Zwickau | 10 |
| S. Jacob | FC Saarbrücken | 10 |
| D. Eckert | FC Ingolstadt 04 | 9 |
| T. Thiele | FC Viktoria Köln | 9 |
| P. Steinhart | TSV 1860 München | 9 |
| J. Boyamba | Waldhof Mannheim | 9 |
| Y. Deichmann | VfB Lübeck | 8 |
| D. Dressel | TSV 1860 München | 8 |
| J. Derstroff | Hallescher FC | 8 |
| T. Kern | Bayern München II | 8 |
| M. Kiprit | KFC Uerdingen 05 | 8 |