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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| M. Bär | TSV 1860 München | 21 |
| B. Atik | 1. FC Magdeburg | 19 |
| L. Tankulić | SV Meppen | 14 |
| G. Nilsson | SV Wehen | 14 |
| M. Eberwein | Hallescher FC | 13 |
| L. Lauberbach | Eintracht Braunschweig | 12 |
| O. Ademi | MSV Duisburg | 12 |
| L. Schuler | 1. FC Magdeburg | 12 |
| M. Heider | VfL Osnabrück | 11 |
| D. Martinović | Waldhof Mannheim | 11 |
| M. Schnatterer | Waldhof Mannheim | 11 |
| J. Ceka | 1. FC Magdeburg | 11 |
| L. Petkov | Verl | 11 |
| A. Grimaldi | FC Saarbrücken | 11 |
| V. Vermeij | Freiburg II | 11 |
| D. Baumann | FSV Zwickau | 11 |
| J. Günther-Schmidt | FC Saarbrücken | 10 |
| B. Taz | Borussia Dortmund II | 10 |
| M. Stoppelkamp | MSV Duisburg | 10 |
| R. Berlinski | Verl | 10 |
| E. Huth | Hallescher FC | 10 |
| S. Klaas | VfL Osnabrück | 9 |
| M. Biankadi | TSV 1860 München | 9 |
| A. Bouhaddouz | MSV Duisburg | 9 |
| L. Putaro | Verl | 9 |
| S. Jacob | FC Saarbrücken | 9 |
| T. Boyd | 1. FC Kaiserslautern | 9 |
| J. Boyamba | Waldhof Mannheim | 8 |
| M. Pourié | Würzburger Kickers | 8 |
| M. Thiel | SV Wehen | 8 |