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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| A. Arslan | Dynamo Dresden | 25 |
| B. Simakala | VfL Osnabrück | 19 |
| V. Vermeij | Freiburg II | 15 |
| I. Prtajin | SV Wehen | 15 |
| L. Schnellbacher | SV Elversberg | 14 |
| B. Hollerbach | SV Wehen | 14 |
| D. Baumann | FSV Zwickau | 14 |
| T. Bech | FC Ingolstadt 04 | 13 |
| J. Njinmah | Borussia Dortmund II | 13 |
| J. Rochelt | SV Elversberg | 12 |
| D. Martinović | Waldhof Mannheim | 12 |
| R. Meißner | FC Viktoria Köln | 12 |
| M. Pourié | SV Meppen | 11 |
| E. Engelhardt | VfL Osnabrück | 11 |
| D. Nazarov | Erzgebirge Aue | 10 |
| N. Woltemade | SV Elversberg | 10 |
| T. Zimmerschied | Hallescher FC | 10 |
| P. Schmidt | FC Ingolstadt 04 | 10 |
| A. Nollenberger | Bayreuth | 9 |
| S. Kutschke | Dynamo Dresden | 9 |
| M. Çuni | FC Saarbrücken | 9 |
| A. Grimaldi | FC Saarbrücken | 9 |
| M. Winkler | Waldhof Mannheim | 9 |
| P. Testroet | FC Ingolstadt 04 | 8 |
| F. Lakenmacher | TSV 1860 München | 8 |
| R. Tesche | VfL Osnabrück | 8 |
| L. Kehl | Freiburg II | 8 |
| N. Sessa | Verl | 8 |
| M. Ziereis | Bayreuth | 8 |
| A. Becker | FC Viktoria Köln | 8 |