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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| P. Hobsch | SpVgg Unterhaching | 28 |
| A. Jabiri | FC Schweinfurt 05 | 25 |
| G. Vidović | Bayern München II | 21 |
| M. Ziereis | Bayreuth | 21 |
| M. Skenderović | FC Schweinfurt 05 | 17 |
| L. Riglewski | Heimstetten | 15 |
| N. Motika | Bayern München II | 15 |
| P. Hofmann | Aubstadt | 15 |
| A. Nollenberger | Bayreuth | 14 |
| J. Greppmeir | Rain / Lech | 14 |
| R. Ungerath | Wacker Burghausen | 14 |
| S. Hain | SpVgg Unterhaching | 14 |
| S. Telalovic | Illertissen | 14 |
| C. Maier | Wacker Burghausen | 13 |
| P. Pigl | Pipinsried | 13 |
| J. Endres | Aubstadt | 12 |
| O. Batista-Meier | Bayern München II | 12 |
| P. Federl | Eichstätt | 12 |
| A. Suljić | FC Schweinfurt 05 | 11 |
| D. Čevis | Augsburg II | 11 |
| M. Nickel | Augsburg II | 11 |
| A. Sieb | Bayern München II | 10 |
| E. Niesigk | Viktoria Aschaffenburg | 10 |
| M. Dellinger | Aubstadt | 10 |
| S. Maderer | Bayreuth | 10 |
| A. Leipold | Wacker Burghausen | 9 |
| D. Steininger | Bayreuth | 9 |
| F. Pieper | FC Schweinfurt 05 | 9 |
| I. Knezevic | Bayreuth | 9 |
| L. Copado | Bayern München II | 9 |