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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| P. Hobsch | SpVgg Unterhaching | 27 |
| A. Jabiri | FC Schweinfurt 05 | 22 |
| L. Vonić | Nürnberg II | 22 |
| S. Sané | Würzburger Kickers | 21 |
| A. Jünger | Vilzing | 20 |
| G. Ranos | Bayern München II | 20 |
| Y. Glessing | Illertissen | 19 |
| F. Ivanović | Augsburg II | 18 |
| Jermain Nischalke | Nürnberg II | 18 |
| J. Endres | Aubstadt | 17 |
| Y. Woudstra | Türkgücü-Ataspor | 15 |
| B. Laverty | Viktoria Aschaffenburg | 14 |
| F. Eberle | Eichstätt | 14 |
| N. Grimbs | Greuther Fürth II | 14 |
| P. Moll | FC Schweinfurt 05 | 14 |
| I. Franjić | Würzburger Kickers | 13 |
| M. Fetsch | SpVgg Unterhaching | 13 |
| S. Ammari | Buchbach | 13 |
| T. Kern | Bayern München II | 13 |
| L. Riglewski | Heimstetten | 12 |
| M. Zaiser | Würzburger Kickers | 12 |
| T. Winklbauer | Wacker Burghausen | 12 |
| D. Haubner | Eichstätt | 11 |
| H. Pöschl | Illertissen | 11 |
| H. Yılmaz | Pipinsried | 11 |
| T. Steer | Buchbach | 11 |
| A. Wagner | Hankofen-Hailing | 10 |
| B. Hadžić | FC Schweinfurt 05 | 10 |
| D. Segbé-Azankpo | Bayern München II | 10 |
| H. Hofgärtner | Augsburg II | 9 |