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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| J. Kania | Nürnberg II | 24 |
| S. Sané | Würzburger Kickers | 20 |
| R. Bornschein | Greuther Fürth II | 17 |
| Y. Glessing | Illertissen | 16 |
| A. Jünger | Vilzing | 13 |
| E. Muteba | Nürnberg II | 12 |
| M. Sperr | Ansbach | 12 |
| S. Sturm | FC Schweinfurt 05 | 12 |
| T. Kern | Bayern München II | 12 |
| A. Bošnjak | Wacker Burghausen | 10 |
| A. Jabiri | FC Schweinfurt 05 | 10 |
| A. Japaur | Augsburg II | 10 |
| D. Gabriele | Illertissen | 10 |
| J. Müller | Vilzing | 10 |
| L. Copado | Bayern München II | 10 |
| N. Seefried | Ansbach | 10 |
| T. Hoch | Vilzing | 10 |
| T. Kordick | Vilzing | 10 |
| T. Winklbauer | Wacker Burghausen | 10 |
| B. Caciel | Würzburger Kickers | 9 |
| D. Meisel | Würzburger Kickers | 9 |
| F. Bozesan | FC Schweinfurt 05 | 9 |
| F. Schnabel | Schalding-Heining | 9 |
| M. Dellinger | Aubstadt | 9 |
| S. Müller | Greuther Fürth II | 9 |
| E. Tunc | Türkgücü-Ataspor | 8 |
| L. Zvonarek | Bayern München II | 8 |
| M. Thomann | Aubstadt | 8 |
| P. Grauschopf | Vilzing | 8 |
| P. Hack | Eintracht Bamberg | 8 |