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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| O. Wriedt | Bayern München II | 24 |
| A. Bunjaku | FC Viktoria Köln | 20 |
| P. Hosiner | Chemnitzer FC | 19 |
| M. Kobylański | Eintracht Braunschweig | 18 |
| M. Wunderlich | FC Viktoria Köln | 17 |
| D. Undav | SV Meppen | 17 |
| M. Stoppelkamp | MSV Duisburg | 15 |
| S. Mölders | TSV 1860 München | 15 |
| L. Pfeiffer | Würzburger Kickers | 15 |
| P. Breier | Hansa Rostock | 15 |
| F. Kaufmann | Würzburger Kickers | 14 |
| C. Kühlwetter | 1. FC Kaiserslautern | 14 |
| V. Vermeij | MSV Duisburg | 14 |
| D. Eckert | FC Ingolstadt 04 | 14 |
| T. Boyd | Hallescher FC | 14 |
| E. Huth | FSV Zwickau | 14 |
| F. Pick | 1. FC Kaiserslautern | 13 |
| S. Kutschke | FC Ingolstadt 04 | 13 |
| C. Beck | 1. FC Magdeburg | 11 |
| P. Sohm | Hallescher FC | 11 |
| L. Daschner | MSV Duisburg | 11 |
| T. Thiele | 1. FC Kaiserslautern | 10 |
| S. Bertram | 1. FC Magdeburg | 10 |
| G. Korte | Waldhof Mannheim | 9 |
| E. Bekiroglu | TSV 1860 München | 9 |
| D. Gabriele | FC Carl Zeiss Jena | 9 |
| T. Boere | KFC Uerdingen 05 | 9 |
| D. Stroh-Engel | SpVgg Unterhaching | 9 |
| M. Bär | Eintracht Braunschweig | 8 |
| S. Handle | FC Viktoria Köln | 8 |