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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| F. Kaya | SV Wehen | 20 |
| C. Daferner | Dynamo Dresden | 18 |
| S. Grønning | FC Ingolstadt 04 | 17 |
| T. Ciğerci | Energie Cottbus | 15 |
| T. Thiele | Energie Cottbus | 15 |
| L. Lobinger | FC Viktoria Köln | 15 |
| J. Hettwer | Borussia Dortmund II | 14 |
| A. Arslan | Rot-Weiß Essen | 14 |
| S. Güler | FC Viktoria Köln | 14 |
| J. Kania | Arminia Bielefeld | 14 |
| S. El Mala | FC Viktoria Köln | 13 |
| B. Taz | Verl | 12 |
| D. Baumann | SV Sandhausen | 12 |
| M. Bär | Erzgebirge Aue | 11 |
| P. Hobsch | TSV 1860 München | 11 |
| M. Flotho | SV Wehen | 10 |
| F. Lohkemper | Waldhof Mannheim | 10 |
| S. Haugen | Hansa Rostock | 10 |
| M. Stefaniak | Erzgebirge Aue | 9 |
| P. Testroet | FC Ingolstadt 04 | 9 |
| B. Kanurić | FC Ingolstadt 04 | 8 |
| J. Guttau | TSV 1860 München | 8 |
| K. Brünker | FC Saarbrücken | 8 |
| M. Corboz | Arminia Bielefeld | 8 |
| M. Wolfram | TSV 1860 München | 8 |
| D. Zeitler | FC Ingolstadt 04 | 8 |
| B. Simakala | VfL Osnabrück | 8 |
| C. Kinsombi | Hansa Rostock | 8 |
| D. Steczyk | Verl | 8 |
| K. Rabihić | FC Saarbrücken | 8 |