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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| L. Gindorf | Alemannia Aachen | 28 |
| E. Engelhardt | Energie Cottbus | 22 |
| M. Schroers | Alemannia Aachen | 20 |
| M. Costly | FC Ingolstadt 04 | 18 |
| T. Cigerci | Energie Cottbus | 17 |
| S. Haugen | TSV 1860 München | 16 |
| F. Lohkemper | Waldhof Mannheim | 16 |
| B. Taz | Verl | 15 |
| E. Holten | Hansa Rostock | 15 |
| J. Arweiler | Verl | 15 |
| D. Zeitler | Hoffenheim II | 15 |
| F. Pick | FC Saarbrücken | 14 |
| R. Meissner | VfL Osnabrück | 14 |
| M. Janssen | Rot-Weiß Essen | 14 |
| E. Hottmann | SSV Jahn Regensburg | 13 |
| M. Flotho | SV Wehen | 12 |
| T. Boyd | Waldhof Mannheim | 12 |
| A. Besio | Verl | 11 |
| F. Kaya | SV Wehen | 11 |
| T. Musel | Rot-Weiß Essen | 11 |
| O. Mhamdi | Verl | 10 |
| N. Eichinger | SSV Jahn Regensburg | 10 |
| N. Sessa | Stuttgart II | 10 |
| C. Noss | MSV Duisburg | 10 |
| N. Darvich | Stuttgart II | 10 |
| E. Loder | SSV Ulm 1846 | 10 |
| M. Bar | Erzgebirge Aue | 10 |
| K. Brunker | FC Saarbrücken | 10 |
| K. Mizuta | Rot-Weiß Essen | 9 |
| L. Duric | Hoffenheim II | 9 |