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| Player | Team | Goals |
|---|---|---|
| J. Mause | FC Ingolstadt 04 | 18 |
| J. Grodowski | Preußen Münster | 17 |
| M. Batmaz | Preußen Münster | 17 |
| D. Baumann | Hallescher FC | 15 |
| L. Lokotsch | Verl | 14 |
| O. Pohlmann | Borussia Dortmund II | 13 |
| L. Marseiler | FC Viktoria Köln | 13 |
| S. Kutschke | Dynamo Dresden | 13 |
| M. Bär | Erzgebirge Aue | 13 |
| P. Hobsch | SpVgg Unterhaching | 13 |
| Léo Scienza | SSV Ulm 1846 | 12 |
| K. Brünker | FC Saarbrücken | 12 |
| M. Breunig | Freiburg II | 11 |
| D. Kother | SSV Jahn Regensburg | 10 |
| C. Viet | SSV Jahn Regensburg | 10 |
| T. Deniz | Hallescher FC | 10 |
| A. Becker | FC Viktoria Köln | 10 |
| F. Klos | Arminia Bielefeld | 10 |
| M. Fetsch | SpVgg Unterhaching | 10 |
| N. Ganaus | SSV Jahn Regensburg | 10 |
| O. Batista Meier | Verl | 9 |
| M. Biankadi | Arminia Bielefeld | 9 |
| M. Stefaniak | Erzgebirge Aue | 9 |
| L. Vonić | Rot-Weiß Essen | 9 |
| A. Keller | SpVgg Unterhaching | 9 |
| R. Elongo-Yombo | Borussia Dortmund II | 9 |
| C. Harenbrock | Rot-Weiß Essen | 8 |
| D. Chessa | SSV Ulm 1846 | 8 |
| D. Otto | SV Sandhausen | 8 |
| S. Grønning | FC Ingolstadt 04 | 8 |